本課程介紹作物之抗病遺傳原理、已知的相關分子機制、以及由前述知識所衍生的育種策略。內容主要有三個部份: 第一部份由plant-pathogen co-evolution、病徵發展、及流行病學的觀點，說明作物的抗病及耐病現象，解釋文獻上用來描述抗病表現型的名詞，例如: gene-for-gene theory、horizontal resistance、durability，並說明抗病篩選過程及抗病品種的應用。第二部份由 molecular genetics 的觀點切入, 介紹 race-specific resistance、race-nonspecific resistance、與 innate resistance 的分子基礎。第三部份則由孟德爾遺傳的觀點介紹gene-for-gene theory，以及如何應用此原理，自種原庫中篩選帶有抗病基因的種原、以及進行分子標記輔助選種。與本課程相關的實地參訪活動，開設於「作物抗病育種實務」課程，於每學年第二學期在週末授課及春假參訪。